Die 800-jährige Geschichte der Stadt hat vielfältige Spuren im Boden hinterlassen. Unter der Oberfläche zwischen Rotem Rathaus und Altem Stadthaus verbergen sich bis in eine Tiefe von ca. 4 Metern vielfältige Spuren: Fundamente von Bürgerhäusern, Objekte des Alltagslebens wie Gebrauchskeramik und Tierknochenabfälle oder sogar Industrieanlagen wie das ehemalige Elektrizitätswerk südlich des Roten Rathauses.
In den Hinterhöfen des Molkenmarktes sowie unterhalb neuzeitlicher Keller konnten zahlreiche Überreste mittelalterlicher Bauwerke aufgedeckt werden. Dabei handelt es sich einerseits um hölzerne Keller, die bis in das 13./14. Jahrhundert zurückgehen. Die aus Holzbohlen bestehenden Wandkonstruktionen sind oftmals nur noch als braune Verfärbung erhalten. Über den aufgegebenen und verfüllten Kellern wurden jüngere Steinhäuser errichtet. Andererseits wurden im Mittelalter in den Hinterhöfen Abfallschächte errichtet, die ebenfalls aus Holz, teilweise auch aus Ziegelsteinen konstruiert waren. Aus ihnen konnten zahlreiche Alltagsgegenstände geborgen werden, die den Alltag der mittelalterlichen Bewohner Berlins anschaulich machen.
In den Hinterhöfen wurden zudem zahlreiche Brunnen aufgedeckt, die aus Ziegeln oder Feldsteinen bestehen und bis in das 19. Jahrhundert genutzt und umgebaut wurden. Der Großteil der erhaltenen Steinkeller wurde im 18. und 19. Jahrhundert errichtet. Die Bauwerke des 18. Jahrhunderts besitzen oftmals Kalksteinfundamente, ab der Mitte des 19. Jahrhunderts sind nur noch Ziegelbauwerke anzutreffen. Alle Keller waren mit modernem Schutt verfüllt, der seinerseits ebenfalls Zeugnisse des Alltagslebens bis in das 20. Jahrhundert enthält.